2001年12月14日，布什宣布废除1972年同苏联签署的《反导条约》，冷战时期，该条约曾是美苏两国取得核平衡的基础。与此同时，布什开始集中人力物力研发部署弹道导弹防御系统，这一做法遭到科学界广泛批评。随之进行的实弹演练成败参半。根据规划，美国将于2005年正式部署弹道导弹防御系统，该系统既不能拦截巡航导弹，也不能拦截陆基或潜射弹道导弹。许多批评人士称，美国不太可能受到此类导弹袭击，却要建立一个防御系统，布什犯下了一个费用高昂的错误。布什还大幅增加军事研发及武器系统更新换代的预算，目前，布什政府已经开始研发“掩体粉碎机”核导弹。

　　布什从2002年开始施压，敦促联合国采取行动解除伊拉克武装。后来，联合国安理会通过1441号决议，派遣汉斯-布利斯及穆罕默德-巴拉迪赴伊拉克进行核查。2003年春天，布什加大施压力度，联合国武器核查人员被迫离开伊拉克，尚未能核实伊拉克是否存在大规模杀伤性武器。布什政府试图推动联合国安理会再通过一个决议入侵伊拉克，但因多数国家反对而未付诸表决。美国组织了一支由40个国家参加的联合部队，即所谓的“自愿同盟”(Coalition of the Willing)发动第二次伊拉克战争。该同盟除英国、日本及西班牙外，大多是一些小国。

　　2003年3月，美国以伊拉克拒不合作为借口发动战争。战争的最初目的是阻止伊拉克部署大规模杀伤性武器及推翻独裁者萨达姆-候赛因。在对伊战争问题上，美国和盟国出现诸多分歧，法国及德国都持坚决反对的态度。许多国家的民众也组织反战游行，其规模是越战后少见的。联合国秘书长安南在不同场合指责美国对伊拉克发动战争是非法的。

　　几天之内，伊拉克武装部队就被打败，伊拉克问题也开始逐渐升级。美军占领伊拉克及在伊推行民主进行的十分艰难。美军并没有找到原先预计的大规模杀伤性武器，而这正是美国发动对伊战争的基础。布什政府遭到国内及国外各界的指责与批评。但是，布什仍然坚信他当初的决定是正确的，称美国推翻了“暴君的统治”，伊拉克再也无法对世界构成威胁了。

　　布什的外交政策很大程度上受美国新保守主义思想库--“新美国世纪计划”(PNAC)的影响，该思想库的很多成员都在布什政府中出任要职。还有人说，布什政府更偏爱于传统基金会，其次是卡托研究所，尽管两大思想库在布什内阁中缺乏代表性。

　　国内政策

　　布什总统批准宪法修正案，规定婚姻只能存在于男女之间，严禁同性结婚。

　　布什总统任内，曾推动降低“婚姻税”(Marriage Penalty)、“死亡税”及企业投资“边际税率”。这三项减税措施在国会得到共和党及民主党多数议员的同意，但后来有人指责税率又有所反弹。布什鼓励实行社会保障部分私有化，个人退休帐户免征社保税。

　　2003年，布什签署“医疗保险法案”，将几种处方药纳入医疗保险范畴，同时对出售这类药品的公司给予补助，并严禁联邦政府就此与药品公司讨价还价。

　　在2005财政年度，美国从2-4万亿美元的联邦政府预算中划出4010亿美元用于国防开支，几乎可以与冷战时期的国防预算相当。

　　2003年1月，布什签署“不让一个孩子掉队法案”，旨在加强早期教育、检测学生成绩、确保向学校投入更多资源。批评者(包括参议员克里及全国教育委员会)称，尽管联邦教育预算增加了50%，但学校所需的资源仍然不足。部分州则拒绝执行该法案，认为其投资极不合理。