科学家指责布什政府缩减对科学研究资金的投入，限制了干细胞研究，还指责布什忽视全球温室效应，其签证及移民限制政策也阻碍了美国与其它国家科学家的交流与合作。2004年2月，“关心科学家联合会”的5000名科学家(包括48名诺贝尔奖获得者)发表一项声明，“反对布什政府对待科学界建议的态度”，认为“布什政府在制定政策时忽略了科学界建议，而这关系到美国人民的福祉”。

　　2004年1月14日，布什宣布一项新的太空计划，拟让美国2020年再次登月，2010年完成国际空间站的建造工作，最后再将宇航员送上火星。但该计划面临资金短缺问题。

　　环保人士也对布什的环保政策予以批评，认为布什的政策旨在发展工业，却忽略了对环境的保护。2002年，布什签署“五大湖遗产法案”，授权联邦政府对五大湖的污染及沉积进行清理。2002年，布什还签署“布朗菲尔德法案”，加快对废弃工业区的清理，保护公众健康，创造就业机会。2003年12月，布什推行“健康森林计划”。与他以往的国内政策一样，他所说的与他所做的完全相反，说要让天空清新干净，事实上却是制造更多的污染。

　　内阁

　　在布什的内阁成员中，有很多少数民族裔阁员，其中就有两名亚裔政府部长，这在历届美国政府中是最多的。据《金氏世纪纪录》记载，布什内阁还是美国历届政府中最为富有的内阁。

　　布什内阁成员中，只有一位不是共和党人，他就是第一位亚裔内阁部长—运输部长罗曼-峰田，以前曾在克林顿政府出任商务部长，属于民主党。

　　布什重新启用过去共和党内阁的一些杰出人物，如科林-鲍威尔，以前曾在里根政府出任国家安全顾问，并在老布什政府出任参谋长联席会议主席;现任国防部长唐纳德-拉姆斯菲尔德，以前也曾在福特内阁出任过国防部长。